Negli ambienti dell’ex comando di polizia e carcere nazista, oggi vincolati nella struttura e nella funzione, venne compiuto un restauro in parte conservativo e in parte ricostruttivo e realizzato un allestimento che ebbe come riferimento i sacrari e memoriali militari.
Dopo la morte di Guido Stendardo, avvenuta nel 1969, il Museo conobbe un lungo periodo di stasi fino al 1980 quando ne divenne presidente, fino alla morte avvenuta nel 2001, il sen. prof. Paolo Emilio Taviani, uno dei capi della vittoriosa Resistenza di Genova, più volte ministro per la DC e presidente della Federazione italiana dei volontari della Libertà. Egli fu sorretto e sostenuto dal prof. Arrigo Paladini, già detenuto in via Tasso, che ne divenne il direttore fino alla morte (1991) e che fu coadiuvato dalla moglie Elvira Sabbatini Paladini, direttrice fino al 2009.
Il rilancio del Museo ebbe come punto di forza una sempre più intensa attività per le scuole, non solo romane, proseguita in progressione fino agli attuali oltre 15000 visitatori l’anno. Al piano terreno venne autorizzato l’allestimento di un muro divisorio e la realizzazione di un’aula didattica.
L’intera ala dell’edificio, corrispondente al civico n. 145 fu sottoposta a vincolo perché di notevole interesse storico e sugli appartamenti venne istituito il diritto di prelazione dello Stato. Nel 2001, in occasione del primo Giorno della Memoria (istituito con la legge n. 211 del 20 luglio 2000) fu consegnato al Museo, che vi allestì la sala sulla deportazione degli ebrei romani, l’appartamento dell’interno 9.
Nella notte tra il 22 e il 23 novembre 1999 il Museo fu oggetto di un attentato esplosivo che per caso non provocò conseguenze funeste ma solo danni ai vetri delle finestre degli appartamenti ad esso più vicini. La manifestazione di solidarietà dell’8 dicembre successivo, con le sue oltre 3500 persone contribuì a rinsaldare il legame ed il consenso popolare intorno al Museo.
Nella fase più recente, nell’ambito del Museo sono state realizzate diverse iniziative di ricerca storico-documentaria volte ad arricchire la documentazione e ad ampliare le conoscenze. Inoltre, il Museo ha avviato contatti in Italia, in Europa e nel mondo per collegarsi con analoghe istituzioni e luoghi di memoria.